Лишают свидетельств и коммерческих пилотов, и частных. Вторых реже.
Суды нечасто рассматривают подобные споры, каждый из которых индивидуален и требует внимание к деталям. Поэтому достаточно часто одна инстанция решает спор о незаконном лишении свидетельства пилота в пользу одной стороны, а другая признаёт правоту другой стороны.
Из своей практики: пилот авиакомпании «Nordwind» решением одного из районных судов г. С.-Петербурга был лишён свидетельства коммерческого пилота по причине неправильного прохождения первоначальной подготовки. Имеется ввиду налёт для получения PPL (private pilot licence — свидетельство частного пилота), происходивший за 10 лет до текущих событий. С тех пор пилот уже успел налетать порядка 3,6 тыс. часов.
Инициатором лишения выступило одно из межрегиональных территориальных управлений воздушного транспорта Федерального агентства воздушного транспорта (иначе — одно из МТУ Росавиации). И это несмотря на то, что свидетельство коммерческого пилота выдаётся всё тем же ФАВТ (Росавиацией) и его МТУ.
По подготовленной адвокатом апелляционной жалобе Санкт-Петербургский городской суд решение суда I-й инстанции отменил (потребовалось провести два судебных заседания), решение МТУ Росавиации признал незаконным.
Теперь уже со своей стороны МТУ Росавиации обжаловало определение суда апелляционной инстанции в Четвёртый кассационный суд общей юрисдикции, который оставил решение апелляции в силе.
P. S. Следите за правильностью оформления документов о своей подготовке на каждом её этапе, даже если их оформляют специалисты. Человеку свойственно ошибаться.